Hay 560 especies de plantas nativas de las islas, es decir, plantas que llegaron a las islas por medios naturales. De ellos, 180 son endémicas de las islas, lo que significa que se encuentran en ningún otro lugar del mundo. Muchas plantas endémicas son raras y en peligro de extinción, las plantas de Galápagos tienden a ser especies "pioneras", plantas robustas que lograron cruzar océanos y logran establecerse en el entorno a menudo hostil de islas. Dado que las plantas son relativamente pocos logran hacerlo, la flora ha "empobrecido" - hay menos especies aquí que en ambientes similares en el Continente Sudamericano. Las plantas también están adaptadas para tener muy pocos insectos u otros animales para polinizar sus flores o dispersar sus frutos y semillas. Esto significa que hay pocas flores grandes y vistosas para atraer a los polinizadores y algunos frutos carnosos especializados.
Lo más probable es que la flora de las islas comenzó de esta manera:
- Con esporas y semillas llevadas por los vientos y "detenido" por las islas recién formadas.
- Por semillas adheridas a las patas y el plumaje de las aves migratorias, o se pasan a través de su sistema digestivo.
- A través de fragmentos de vegetación se precipitan al mar, por los ríos desbordados y llevado a cabo en todo el océano por las corrientes marinas.
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